ตราสัญลักษณ์ของโรงเรียนเซนต์จอห์น ปับติสต์ ประกอบด้วย
ไม้กางเขน คือ เป็นเครื่องหมายของความรัก ความเสียสละ ความพากเพียรของผู้บริหาร คณะครู บุคลากร เพื่อนนักเรียนและศิษย์ทุกคนดังเช่นพระเยซูเจ้า
รัศมีรอบกางเขน คือ ความรักความเสียสละในความดี ความรู้ ความสามารถที่แผ่ขยาย ไปยังทุก คนสู่ชุมชนสังคมในทุกเวลา
หนังสือ คือ วิชาความรู้ ความสามารถที่ต้องศึกษาเล่าเรียน เขียนอ่านฝึกปฏิบัติ เพื่อ เสริมสร้างนักเรียนและบุคลากรสู่การพัฒนาตนอย่างสมบูรณ์
ใบไม้ คือ นักเรียน และบุคลากรทุกคนได้รับการหล่อเลี้ยง ทางความรู้ความสามารถ และพัฒนาการต่างๆ
สีประจำโรงเรียน
สีขาว หมายถึง ความบริสุทธิ์ ความสะอาดและความถูกต้อง
สีแดง หมายถึง ความรักความเข้มแข็ง และพลังในความดีงาม ความรู้และความสามารถ
ต้นไม้ประจำโรงเรียน “ ต้นนนทรี ”
ต้นนนทรี เป็นต้นไม้ยืนต้น ที่มีลำต้นใหญ่ แข็งแรงทนทานต่อสภาพดินฟ้าอากาศ และแผ่กิ่งก้านเพื่อให้ร่มเงา มีดอกสีเหลือง
หมายถึง ศิษย์ของเซนต์จอห์น บัปติสต์ เป็นผู้ที่เข้มแข็ง อดทน รักเมตตา มีใจโอบอ้อมอารีและช่วยเหลือผู้อื่น มีคุณธรรม จริยธรรมและยึดศาสนาเป็นที่พึ่งแห่งจิตใจ ใฝ่รู้ใฝ่เรียนอยู่ตลอดเวลาสามารถปรับตัวได้กับสภาพแวดล้อมทางสังคม เพื่อการดำรงชีวิตอย่างมีสุข